Agamemnon est choisi comme commandant en chef de l’expédition contre Troie, grâce à son renom et à une propagande habile. Devenu "Roi des rois", auréolé d’une majesté triomphante, il doit affronter une terrible décision personnelle : ordonner le sacrifice de sa fille IPHIGÉNIE, réclamé par le devin Calchas pour apaiser le courroux de la déesse Artémis, et permettre ainsi à la flotte grecque de quitter la rade d’Aulis où l’absence de vents la tient désespérément immobilisée. La disparition d’Iphigénie, à laquelle Agamemnon finit par se résoudre, ne fera qu’accroître la haine inexpiable de Clytemnestre contre son mari. Après le départ du roi, elle se laisse séduire par son cousin Égisthe, qu’elle met dans son lit et sur le trône. Mycènes appartient désormais au concubin, au cadet, fils de l’inceste, qui deviendra meurtrier du fils d’Atrée comme il l’a été d’Atrée lui-même.
Au bout de neuf années de siège devant Troie, l’hostilité latente entre Agamemnon et Achille, qui supporte fort mal l’autorité du chef, éclate au grand jour avec la violente dispute dont la captive Briséis est l’enjeu. Agamemnon est sommé de rendre Chryséis, fille d’un prêtre d’Apollon, qu’il a ramenée d’une expédition contre une ville voisine, pour mettre fin à la peste que le dieu irrité a envoyée à l’armée grecque. Mais en échange, il réclame Briséis la captive dévolue à Achille. Ce dernier, furieux, refuse désormais de combattre. Après quelques brèves actions d’éclat sur le champ de bataille, Agamemnon, blessé, doit se résoudre à se réconcilier avec Achille à qui il renvoie Briséis.
Une fois la ville prise, Ménélas retrouve Hélène chez un frère de Pâris à qui elle a été donnée après la mort de ce-dernier : sur le point de la tuer, vaincu par sa beauté comme par le pouvoir d’Aphrodite, il oublie sa colère et son désir de vengeance. Les époux réconciliés se hâtent de rentrer, mais le voyage est difficile car les dieux de la ville vaincue poursuivent les navires grecs de leur colère. Contraints de passer par l’Égypte, où ils demeurent cinq années en accumulant les richesses, Ménélas et Hélène regagnent enfin Sparte, huit ans après avoir quitté Troie. Après leur mort, tous deux auraient reçu le don d’immortalité pour être transportés aux Champs Élysées.
Le retour de Troie est loin d’être aussi heureux pour Agamemnon : dès son arrivée à Mycènes, il tombe sous les coups d’Égisthe. Des diverses versions du meurtre on retient surtout celle où le roi est frappé dans son bain alors que, empêtré dans la chemise offerte par sa femme et dont elle a cousu les manches, il ne peut se défendre. Complice de cette mise à mort, Clytemnestre y aurait aussi participé. Elle tue également Cassandre, la fille de Priam qu’Agamemnon avait ramenée dans son butin et dont elle craignait la rivalité amoureuse.