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Une ressource : LibMol, la librairie de molécules 2.0

La librairie de molécules se modernise avec une nouvelle interface et de nouvelles fonctions.

LibMol est un logiciel libre (code source ouvert) et gratuit. En exploitant les données des fichiers PDB, le logiciel donne des informations sur tous les éléments de la molécule. Ainsi, un survol d’un atome par la souris donne des indications claires allant jusqu’au nom complet de la protéine concernée.

Une légende précise la signification des couleurs employées. Une aide donne des informations sur les commandes utilisées afin de comprendre leur effet et leur intérêt dans le cadre de l’étude d’un modèle.

Les commandes disponibles s’adaptent aux actions réalisées : par exemple pas de coloration par structure si la sélection n’est pas affichée en rubans. Ceci permet que les élèves ne réalisent pas de traitements qui n’ont pas d’effets ou d’intérêt.
La sélection de résidus s’effectue via une fenêtre présentant les séquences complètes et associant au survol les résidus et leur localisation dans la structure 3D (silhouette verte sur l’image ci-dessous).

L’objectif de ce développement est de mettre entre les mains des enseignants et de leurs élèves un outil permettant une exploration autonome des modèles moléculaires en mettant en œuvre leurs propres stratégies (ce que je cherche, comment je le fais). L’explicitation des actions de l’interface va en ce sens.

Techniquement, le logiciel est une application en ligne qui représente un téléchargement de 300-400 Ko selon les navigateurs pour la première utilisation (les suivantes mettant à profit le cache). Il est utilisable sur tout navigateur récent, quel que soit le système d’exploitation.

Une version locale sans besoin d’Internet est en préparation.


Scénarios pédagogiques traitant les thèmes de programmes :

Publié le 31.05.2017

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